水中细菌的大小一般在0.2-80微米范围内。细菌可粗分为6种类型，即细菌（狭义）、放线菌、螺旋体、支原体、立克次氏体和衣原体。水中常见细菌引起的疾病如下：

◆ 霍乱弧菌—霍乱
◆ 埃希氏大肠杆菌—腹泄
◆ 沙门氏菌—伤寒
◆ 志贺氏菌—痢疾
◆ 病毒：大小为15nm-300nm，不能离开生物体的细胞单独繁殖，由一层蛋白质外壳包裹DNA或RNA。
◆ 引起腹泄的病毒：诺沃科病毒（Norwalk）、螺旋病毒（rotavirus）。